DNA合成和純化系統(tǒng)使DNA合成的4個(gè)過程（合成、切除、脫保護(hù)及純化）自動(dòng)完成，定量、自動(dòng)地收集DNA產(chǎn)品。這些過程在3種同時(shí)運(yùn)行的模塊中完成。
DNA合成所需的全部化學(xué)步驟都在合成柱內(nèi)進(jìn)行，合成DNA所需要的全部試劑和溶劑都可以通過試劑運(yùn)輸系統(tǒng)供給。在柱子（起始載體結(jié)合的核苷是裝在一次性的柱子中，該柱子除柱體外還有兩個(gè)固定過濾板和兩個(gè)接頭，所有部件都是由惰性材料制成）中發(fā)生3個(gè)化學(xué)過程。
*個(gè)過程發(fā)生在合成模塊中。柱中含有3’端核苷，與載體物質(zhì)共價(jià)結(jié)合，一次加1個(gè)堿基到載體結(jié)合的核苷上，DNA鏈就開始增長，合成的粗寡核苷酸既可帶5，—DMT基團(tuán)，也可不帶5，—DMT基團(tuán)，而純寡核苷酸的合成必須帶5’—DMT基團(tuán)。
在自動(dòng)生產(chǎn)寡核苷酸的第二個(gè)過程中，柱子被切換到切除模塊，這里濃的氫氧化銨溶液被輸送到柱內(nèi)，從載體上切除寡核苷酸，然后將氫氧化銨溶液中的DNA產(chǎn)物轉(zhuǎn)移到脫保護(hù)模塊。
第三個(gè)過程是脫保護(hù)，將含寡核苷酸的溶液在65℃加熱1h以達(dá)到從寡核苷酸上去除掉保護(hù)基團(tuán)的目的。
第四個(gè)過程為純化模塊，所希望獲得的全長寡核苷酸與失敗片段及其他雜質(zhì)分離。純化是將混懸在氫氧化銨溶液中脫保護(hù)的產(chǎn)物通過原來的柱內(nèi)的載體來完成。DMT化的全長寡核苷酸在柱內(nèi)結(jié)合到載體上，而脫DMT的失敗片段和其他雜質(zhì)都被沖洗去掉。接著經(jīng)脫DMT后，用20％的乙腈水溶液：將DNA產(chǎn)物從柱上洗脫下來。
已純化的寡核苷酸應(yīng)用UV（紫外線）檢測系統(tǒng)，在20％的乙腈溶液中進(jìn)行定量測定，當(dāng)樣品輸送到樣品收集模塊時(shí)通過檢測器，吸收以光密度單位（ODU）表示，產(chǎn)量則以皮摩爾（pmole）表示。自動(dòng)合成寡核苷酸是以樣品收集模塊（module）中收集DNA樣品而告完成。
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