Hoechst染色：hoechst可以穿過活細(xì)胞膜與細(xì)胞核結(jié)合有hoechest33342和hoechst33258兩種（主要為凋亡活細(xì)胞）在紫外光下將核染為藍(lán)色。Hoechst染細(xì)胞核會影響共聚焦顯微鏡對該樣本其他熒光的觀察效果。hoechsthoechsts33258，hoechst33342二者區(qū)別不大，但是hoechst33342對細(xì)胞的毒性作用更小一些，所以一般來說hoechsts33258用于細(xì)胞固定后再染色，而hoechst33342則可以對活細(xì)胞直接進(jìn)行染色！染色步驟

PI（PropidiumIodide碘化丙啶）染色：是一種可對DNA染色的細(xì)胞核染色（PropidiumIodide，PI）是一種核酸染料（紅試劑，常用于細(xì)胞凋亡檢測。碘化丙啶色），它不能透過完整的細(xì)胞膜，但凋亡中晚期的細(xì)胞和壞死細(xì)胞由于細(xì)胞膜通透性的增加，PI能夠透過細(xì)胞膜而使細(xì)胞核染紅。

用PI單一染色觀測培養(yǎng)細(xì)胞，只能表示細(xì)胞的壞死情況，而不是凋亡（當(dāng)然晚期凋亡PI亦可著色）。但是如果您只是想知道細(xì)胞的死亡情況，而不是仔細(xì)區(qū)分壞死或凋亡，那么PI單一染色也可以。但是如果您一定要認(rèn)定細(xì)胞的凋亡，那么PI單一染色顯然不夠！

annexin-v染色細(xì)胞凋亡早期，細(xì)胞膜標(biāo)志發(fā)生改變。其中，磷脂酰*（Annexin-V，PS）外翻，Annexin-V在Ca²⁺存在的條件下與其高親和力特異性結(jié)合。這樣，Annexin-v染色陽性，表示細(xì)胞處于早期凋亡狀態(tài)。Annexin-V結(jié)合不同的熒光抗體，就可以利用流式細(xì)胞儀、熒光顯微鏡以及共聚焦激光掃描顯微鏡檢測細(xì)胞凋亡的發(fā)生。AnnexinV用FITC標(biāo)記發(fā)綠色熒光；如果用PE標(biāo)記就發(fā)紅色熒光。

JC-1染色JC-1是一種陽離子染料，可以在線粒體內(nèi)聚集，低濃度時主要以單體（monomer）存在，發(fā)射光以綠光（～525nm）為主；而在高濃度時則可以形成多聚體（aggregation），發(fā)射光以紅光（-590nm）為主。線粒體本身存在一定的極性（polarization），其外膜為負(fù)極，內(nèi)膜為正極。電位差由Ca²⁺、Na⁺和H⁺流調(diào)控。當(dāng)線粒體狀態(tài)良好時對JC-l攝取量少，因而在線粒體內(nèi)主要以單體的形式存在綠光強(qiáng)度/紅光強(qiáng)度的比值較高。

在線粒體發(fā)生去極化（depolarization）時，線粒內(nèi)JC-l的濃度較高，多以多聚體的形式存在，綠光強(qiáng)度/紅光強(qiáng)度的比值降低。JC-1染色的綠光強(qiáng)度/紅光強(qiáng)度僅取決于線粒體的膜電勢（membranepotential），而與線粒體的形態(tài)、體積和密度都無關(guān)，因而能更好地反映線粒體的功能狀態(tài)。由于凋亡發(fā)生的早期存在線粒體的去極性，因此，JC-1染色被用于檢測凋亡的早期發(fā)生。其實(shí)驗(yàn)方法如下。

JC-l染色非常簡單。首先可將成品JC-1以DMSO配成儲存液（1~5 mg/ml），儲存于-20℃，用時以培養(yǎng)液稀釋至10 ug/ml 終濃度。對貼壁細(xì)胞可以直接棄去培養(yǎng)液，漂洗細(xì)胞后直接加入染色液，10~30 min后在熒光顯微鏡下或者激光共聚焦下觀察。線粒體狀態(tài)好時細(xì)胞以綠色為主，當(dāng)紅光信號增強(qiáng)時，紅綠相疊，以橙色為主。該染色運(yùn)用于懸浮細(xì)胞時還可以通過流式細(xì)胞儀進(jìn)行檢測，收集紅/綠信號強(qiáng)度，計算其強(qiáng)度比。

鈣黃綠素-AM（Calcein-AM）：Calcein-AM本身并不是熒光分子，但通過活細(xì)胞內(nèi)的酯酶作用，Calcein-AM能脫去AM基，產(chǎn)生的Calcein能發(fā)出強(qiáng)綠色熒光（激發(fā)：490 nm，發(fā)射：515 nm）。因此Calcein-AM僅對活細(xì)胞染色